جنگ اول. جنگ جمل (جهاد با ناکثان)
اولین جنگ حضرت با گروهی از پیمان شکنان به رهبری طلحه و زبیر و عایشه اتفاق افتاد که در تاریخ، به دلیل نقض پیمانشان، از آنان به «ناکثین» تعبیر می شود. طلحه و زبیر پس از خروج از مرکز خلافت حضرت و شکستن بیعت خود، با همراهی و تشویق عایشه اولین جنگ را بر حضرت تحمیل کردند. جنگ جمل در منطقه ای نزدیک بصره در سال 36 ق اتفاق افتاد که در مدت یک روز با کشته شدن ده هزار تن و به روایت دیگر، سیزده تا بیست هزار تن از جبهه ناکثین و با شهادت تنها ده نفر از جبهه امام علیه السلام با پیروزی حضرت به پایان رسید.
جنگ دوم. جنگ صفین (جهاد با قاسطان)
در ۱ صفر ۳۷ (قمری) نبردی سنگین میان حضرت علی و معاویهکه در شام ادعای خلافت کرده بود، در محلی به‌نام صفین که در ناحیه غربی عراق میان بالس و رقه است رخ داد. در آغاز خلافت حضرت علی، معاویه را از کارگزاری شام معزول و سهل بن حنیف را جانشین وی کرد. معاویه نپذیرفت و شام را زیر فرمان خود گرفت. پس از پایان جنگ جمل، حضرت علی، حریر بن عبدالله را به شام فرستاد تا از معاویه بیعت بگیرد. معاویه نیز به خون‌خواهی عثمان لشکری برای جنگ با حضرت علی آماده کرد. حضرت علی هم از کوفه عازم جنگ شد و در صفین جنگ سختی میان سپاه شام و عراق درگرفت. این نبرد۱۱۰ روز طول کشید.پس از چند روز نبرد، سپاه حضرت علی در شرف پیروزی بود که با پیشنهاد عمروعاص، سپاه معاویه قرآن‌ها را بر سر نیزه کردند. با دیدن این صحنه گروهی از سپاه عراق جنگ را ترک کردند.حضرت علی مالک اشتر و یا عبدالله بن عباس را برای نمایندگی و حکمیت انتخاب نمود؛ اما گروهی که جنگ را ترک کرده بودند، نپذیرفتند و ابوموسی اشعری را برگزیدند.بنابراین تعیین خلیفه به حکمیت میان عمروعاص و ابوموسی اشعری سپرده شد، لکن با بی کفایتی ابوموسی و زیرکی عمروعاص خلافت به معاویه سپرده و حضرت علی از آن عزل شد و علناً قدرت را از دست حضرت گرفت.
جنگ سوم .جنگ نهروان (جهاد با مارقان)
در سال 38 ق و به فاصله یک سال از جنگ صفیّن، سومین و آخرین جهاد حضرت با گروه خوارج در منطقه «نهروان» آغاز شد. خوارج یا مارقان از مسلمانان ظاهربین، قشری و سطحی نگر و به اصطلاح خشک مقدّس و متحجّر بودند که به اعمال ظاهری شریعت مانند نماز و روزه، اهتمام بیش تری می دادند، اما قدرت تحلیل گوهر دین و احکام آن و همچنین مسائل سیاسی و اجتماعی را نداشتند. شاهد آن فریب خوردن آنان از حیله معاویه در جنگ صفیّن در بالا بردن قرآن بر سرنیزه ها در لحظه شکست است که امام علیه السلام را تهدید کردند که باید با معاویه صلح کند، وگرنه جانش در خطر خواهد بود.
بارى جنگ شروع شد و طولى نکشید که آنگروه گمراه مقتول و نه نفر نیز از آنان فرار کردند و هفت نفر هم از سپاه على علیه السلام بدرجه شهادت نائل آمده بودند و بدین ترتیب پیش بینى آنحضرت صد در صد صورت واقع بخود گرفت و پس از خاتمه جنگ بکوفه مراجعت نمودند،از جمله فراریان خوارج عبد الرحمن بن ملجم از قبیله مراد بود که بمکه گریخته بود.
منبع:وبلاگ دانستنیهای یک شیعه